ברוכים הבאים לרחובות ניו יורק, שם שולטת הפיצה הטובה ביותר כמו גם את הכאוס של המוטאנטים האנושיים. זה תלוי באחים הצבים להחזיר את השלום ב-Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutants Unleashed!מוטאנטים חדשים (או כפי שהצבים קוראים להם, Mewbies) היטיבו להתקבל על ידי האזרחים.